مسجد جامع كبير يزد يكي از شاهكارهاي معماري مساجد ايران است كه تزئينات زيبا و منحصر به فرد آن جلوهاي خاص به آن داده است. اين بنا مشتمل بر يك ايوان رفيع، گنبدخانه، دو شبستان تابستانه در طرفين آن دو گرم خانه در ضلع شرقي و غربي و يك صحن بزرگ مستطيل شكل و دو پاياب است.
مسجد داراي 6 ورودي است كه در اضلاع مختلف بنا واقع شدهاند. ورودي اصلي كه در ضلع شرقي مسجد واقع شده داراي سردر رفيع و نيز كتيبههاي كاشي معرق است و دو مناره نيز بر آن استوار شده است. اين سردر زيبا در زمان شاهرخ تيموري به بنا اضافه شده و بر آن تزئينات و كاشي معرق با نقوش گرهچيني و اسليمي كار شده است. بخش اعظم اين آثار به مرور زمان تخريب شده بود كه در تعميرات هيات حاميان بازسازي ميشود. ورودي مذكور به يك هشتي (كرياس) با سقف گنبدي گشوده ميشود كه اين فضا را ميتوان موزه كتيبهها ناميد زيرا كه انواع كتيبههاي سنگي و كاشي كه بر وقفنامه و فرامين حكومتي در دورههاي مختلف درج شده، منصوب است.
درب ضلع غربي بنا درست مقابل ورودي مذكور قرار گرفته و آن هم به يك هشتي گشوده ميشود كه نماي اين درگاه با كاشي كاري جديد تزئين يافته است. ورودي ديگر مسجد در ضلع شمالي و درست روبروي ايوان قرار دارد. اين ورودي متصل به يك كرياس است و سردر آن با كتيبههاي قرآني و تزئينات كاشي معرق جديد تزيين يافته است
زيباترين بخش بنا را ميتوان مجموعه ايوان و گنبدخانه و فضاهاي پيرامون آن ناميد. نماي ايوان رفيع با مجموعهاي از زيباترين تزئينات كاشي معرق و با نقوش اسليمي و گياهي و نيز گره چيني پوشانده شده است اين تزئينات همراه با آجرهاي ضربي و نقوش معقلي و كتيبههاي كاشي معرق و كوفي، بنايي مجموعهاي بديع و خيره كننده آفريدهاند كه تحسين هر بينندهاي را بر ميانگيزد.
در دو طرف دهانه ايوان ورودي غلام گردشها و غرفههايي است كه اين غرفهها در دو طبقه بوده و به يكديگر متصلاند و فضاي ايوان و گنبدخانه را دور زده و بر آن مشرف هستند. گنبدخانه مربع شكل يك دهانه گشاده مركزي و داخل ايوان و دو گذرگاه طاقدار در طرفين آن دارد.در مسجد جامع يزد كتيبهاي متعلق به قرن هشتم هجري قمري وجود داشت كه در آن نام 14 معصوم نوشته شده بود. اين سنگ نوشته نشان ميداد كه يزديها از ابتداي پذيرش اسلام شيعه بودند و هنوز هم هستند ابعاد اين سنگ نوشته 34×50 سانتيمتر بود كه در ترياس (هشتي) ورودي مسجد قرار داشت.اگرچه اين كتيبه با گذشت 6 ماه از زمان سرقت هنوز پيدا نشده است ولي طبق اظهار مسوولان ميراث فرهنگي استان يزد از كشور خارج نشده است. طبق اعلام نظر كارشناسان ميراث فرهنگي اين كتيبه بالغ بر 2 ميليون دلار ارزش مادي دارد.
